Podpisując umowę o dofinansowanie beneficjent zobowiązuje się do realizacji projektu w pełnym zakresie, terminowo, zgodnie z umową i jej załącznikami, w tym z wnioskiem o dofinansowanie określającym m.in. zakres rzeczowy projektu oraz cele, jakie w wyniku realizacji projektu mają zostać osiągnięte. Cele te opisane są m.in. poprzez określone wartości wskaźników, do których zrealizowania zobowiązuje się beneficjent.

Zatem jeśli dochodzi do konieczności dokonywania zmian w projekcie, powinny być one zawsze właściwie uzasadnione, dopuszczalne na gruncie umowy o dofinansowanie i uzgodnione oraz zaakceptowane przez Instytucję Zarządzającą/Pośredniczącą (z wyjątkiem wyraźnie określonych w umowie przypadków, w których beneficjent dokonuje zmian samodzielnie).

Zasady dokonywania zmian w projekcie określone są w podpisanej przez beneficjenta umowie o dofinansowanie. Pod tym względem występują różnice pomiędzy projektami dofinansowanymi z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego (EFRR) i Europejskiego Funduszu Społecznego (EFS). W umowach o dofinansowanie przewidziany jest pewien zakres zmian w projekcie, które nie są traktowane jako zmiana umowy bądź nie wymagają zawarcia aneksu do umowy, a jedynie pisemnej zgody Instytucji Zarządzającej/Pośredniczącej. Inne zmiany wiążą się z koniecznością podpisania aneksu do umowy o dofinansowanie.

Pewne zmiany mają charakter standardowy i są wręcz niezbędne, jak na przykład zwrot oszczędności powstałych w trakcie realizacji projektu, przykładowo w wyniku przeprowadzonych postępowań w sprawie zamówień publicznych, w których uzyskano ceny niższe od szacowanych.