Kontrola i audyt projektów dofinansowanych w ramach RPO WP 2014-2020 prowadzone są przede wszystkim na podstawie przepisów zawartych w Rozdziale 7 ustawy wdrożeniowej. Zgodnie z art. 23 ust 1 tej ustawy beneficjent jest zobowiązany poddać się kontroli oraz audytowi w zakresie prawidłowości realizacji projektu przeprowadzanych m.in. przez Instytucję Zarządzającą, Instytucję Pośredniczącą, Instytucję Audytową, przedstawicieli Komisji Europejskiej i Europejskiego Trybunału Obrachunkowego oraz inne podmioty, uprawnione do przeprowadzania kontroli lub audytu. Beneficjent jest zobowiązany udostępnić uprawnionym podmiotom dokumenty związane bezpośrednio z realizacją projektu, w szczególności dokumenty umożliwiające potwierdzenie kwalifikowalności wydatków, zapewnić dostęp do pomieszczeń i terenu realizacji projektu, dostęp do związanych z projektem systemów teleinformatycznych oraz udzielać wszelkich wyjaśnień dotyczących realizacji projektu. Nowością w stosunku do okresu 2007-2013 jest zapis zawarty w art. 23 ust 6, zgodnie z którym, jeżeli jest to konieczne do stwierdzenia kwalifikowalności wydatków ponoszonych w ramach realizacji projektu, beneficjent jest zobowiązany udostępnić tym podmiotom również dokumenty niezwiązane bezpośrednio z jego realizacją. Uprawnienie to jest istotne w szczególności przy sprawdzaniu, czy beneficjent nie dokonał nieuprawnionego podziału zamówienia publicznego, gdyż pozwala na weryfikację szacowania wartości zamówienia z uwzględnieniem wszystkich zamówień udzielanych przez beneficjenta, a nie tylko tych, które udzielane są w związku z kontrolowanym projektem.

W ramach RPO WP 2014-2020 Instytucja Zarządzająca/Pośrednicząca może prowadzić wszystkie rodzaje kontroli, które dopuszcza ustawa wdrożeniowa, z tym że przewiduje się prowadzenie w szczególności następujących kontroli:

  • weryfikacja „ex-ante” dokumentacji udzielanych zamówień publicznych, przeprowadzana w siedzibie Instytucji Zarządzającej/Pośredniczącej na podstawie dokumentów przekazanych przez beneficjenta. W projektach dofinansowanych z EFRR beneficjent jest zobowiązany w umowie o dofinansowanie do przekazywania dokumentów bez wezwania (treść ogłoszenia o zamówieniu publicznym, ogłoszenia o zmianie ogłoszenia oraz SIWZ wraz z załącznikami należy przysłać do weryfikacji przed ich opublikowaniem). W projektach dofinansowanych z EFS beneficjent przekazuje dokumenty na wezwanie;
  • weryfikacje wydatków – polegające na sprawdzeniu dostarczenia produktów i usług (w tym wykonania robót budowlanych) współfinansowanych w ramach projektów, faktycznego poniesienia wydatków oraz ich zgodności z RPO WP 2014-2020 oraz zasadami unijnymi i krajowymi, w tym:
    • weryfikacje wniosków beneficjenta o płatność,
    • kontrole w miejscu realizacji projektu lub w siedzibie beneficjenta, w tym w formie wizyt monitoringowych,
    • kontrole krzyżowe służące zapewnieniu, że wydatki ponoszone w projektach nie są podwójnie finansowane w ramach różnych projektów/programów;
  • kontrole na zakończenie realizacji projektu – służące sprawdzeniu kompletności dokumentów potwierdzających właściwą ścieżkę audytu w odniesieniu do zrealizowanego projektu, przeprowadzane przed akceptacją wniosku o płatność końcową;
  • kontrole trwałości projektu.

Każdy rodzaj kontroli może być przeprowadzony w trybie planowym lub doraźnym. Mogą być również prowadzone kontrole sprawdzające w celu weryfikacji wdrożenia zaleceń pokontrolnych.

Kontrola może mieć charakter mieszany i obejmować kilka rodzajów kontroli, np. kontrola na zakończenie realizacji projektu może być połączona z kontrolą w miejscu realizacji projektu lub w siedzibie beneficjenta (jest to rozwiązanie stosowane co do zasady w projektach współfinansowanych z EFRR).

Ważnym elementem nadzoru nad prawidłowością realizacji projektów są audyty wykonywane przez Instytucję Audytową, którą jest Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej umiejscowiony w Ministerstwie Finansów. Instytucja Audytowa za pomocą Urzędu Kontroli Skarbowej przeprowadza co roku na próbie projektów audyty, które mają na celu sprawdzenie, czy nie miało miejsca dofinansowanie ze środków europejskich niekwalifikowalnych projektów lub nieprawidłowych wydatków w ramach projektów. Do obszarów podlegających szczególnie wnikliwej weryfikacji należą zamówienia publiczne, ocena oddziaływania na środowisko i kwalifikowalność wydatków.